三峽祖師廟在石材的展現上多過其他的廟宇，而絕大部分是採用深灰色的觀音山石。石匠雕刻的態度嚴謹，除了繼承傳統的題材外，還有許多豐富多變的新題材，例如水族動物。而且從表現手法來看，在傳統的寫實風格上，融合了象徵與裝飾，並且保留石材的本來特性，不像一般廟宇加以油漆彩繪，可說是民間石雕藝術的卓越展現。

(一)石獅：三川殿共有三個門，中間的稱為三川門，左右各立了一尊由李梅樹先生設計的石獅。和一般傳統的石獅相比，李梅樹先生的石獅較為寫實，線條也比較流暢，雄獅開口含珠、腳踩繡球，雌獅則逗弄小獅子。不僅神態威武，且充滿靈活的動感。

                                                    （公獅）                                                                                            (母獅)

(二)石鼓：在一座寺廟中，中門用抱鼓石，旁門用門枕石，它的作用是加固門框。石鼓造型的鼓面雕有螺紋、龍、虎裝飾。

(門枕石)                                                                                         (抱鼓石)

(三)窗欞：如位於正殿後面有八卦太極窗，取避災祈福之意。

(四)龍柱：典型的「一柱雙龍」，是清末台灣廟宇流行的形式。上下各有一條龍，中間穿插著人物、飛禽、走獸等。

(五)龍虎堵：傳統有「東青龍西白虎」的說法。在三川廟門的兩側牆壁，分別雕刻龍虎造形，簡稱龍牆、虎壁。

(六)祈求吉慶堵：在三川門左右兩邊的壁上，可看到大幅的雕刻，人物分別持著旗、球和戟(長形兵器)、磬(三角形樂器)，求「祈、求、吉、慶」的諧音。

(七)柱礎：俗稱柱珠，安置在柱子與地面的基石之間，有保護柱子及防潮的作用，通常雕上各種圖案增加美觀。祖師廟的柱珠刻著豐富的水族題材，如蝦、蟹、烏賊等，另外如穿山甲、公雞、老鼠等，也是罕見的題材。反映了台灣的地理、物產特色。

(八)花鳥柱：柱身盤繞著粗大的老梅樹，在盛開梅花的枝椏上，棲息著姿態不同的小鳥，隻隻栩栩如生，仔細數數，每柱有五十隻鳥，稱為「百鳥朝梅」，是由李梅樹先生設計和捐獻。

(九)人物柱：人物雕刻柱以人物表現為主，主題是「雙龍朝三十六官將十八騎」柱，由李梅樹先生親自設計，再交由藝師雕刻。石柱的中心有八面，以龍身及雲朵貫穿全柱，再加上各朝代神話故事中的天官神將，尊尊表情生動。

(十)石壁浮雕：在正殿四周外壁上大多是未完工的空白，其中四個轉角上的「四愛」浮雕，分別刻畫 「唐明皇愛牡丹」、「周敦頤愛蓮」、「陶淵明愛菊」、「林和靖愛梅」的故事，這四種花木也分別代表了春、夏、秋、冬四季，不論花葉及衣紋線條都十分流暢，值得一觀。

〈唐明皇愛牡丹〉                                                                        〈陶淵明愛菊花〉

〈周敦頤愛蓮花〉                                                                        〈林和靖愛梅花〉