祖師廟的木作部分有在結構體上(如楣、樑)雕上人物、花鳥、走獸等裝飾性浮雕，也有在結構組件上施雕者，例如吊筒的雕刻，所選用的木料則以檜木、樟木為主，其中有不少出自木雕名匠師黃龜理、李松林、林松等的精心巧作。為了防止蟲蛀，在雕好後貼上金箔，顯得金碧輝煌。內容則是以神話故事和歷史演義為主，如封神榜、三國演義、東周演義等。由於木雕位置較高，而且雕得相當精巧，常常串連一片，因此要仔細觀賞才能辨認。

(一)雀替：又稱「插角」或「托木」，位於樑和柱的交角上，具有穩定直角的功能。一般分為「人物」、「花鳥」、「裝飾」三大類。

                                 （取自三國故事：黃魏爭功）                                                                     (飛鳯造型)

(二)吊筒：位於廊外，由通樑直撐，它的功用在上撐外屋簷，是懸在樑下的短柱，多在底部雕成花籃或繡球做裝飾。此架構材通常會仿燈座或蓮花型式，俗稱「花籃」。祖師廟有上千個吊筒，非常可觀。

(三)豎材：位於吊筒外面，是為了遮飾吊筒中段的榫眼接綘。位置十分醒目，通常雕刻各種人物、八 仙或是靈獸。

(四)藻井：位於尖形屋頂下，藻代表 繁瑣華麗，井就是天花板。從下方往上，各邊都挑出斗栱，層層叠叠，集向中央，完全不用鐵釘，而能堆叠出極具深度感的空間，是傳統建築中非常繁複的裝飾技術，匠師稱此為「蜘蛛結網」。

(五)獅座：在樑與其上小柱子交點，稱為「斗座」。通常雕成獅、虎、象等。每個獅座都由整塊木頭雕成，包括胸前垂鍊及腳踏的球。而垂鍊中央的鈴鐺及球內的小球，都雕成可以靈活的轉動，並不用任何黏接的手法來完成，手藝非常精妙。獅座上方另有八仙及坐騎。

(六)員光：西門廳裡有兩塊面積不大，但精彩萬分的「員光」雕作，出自藝師李松林之手。題材為＜封神榜演義＞中的故事情節，一小塊木板上眾仙雲集、人物細緻，多層次的透刻方式，充分展現出藝師的鬼斧神工。

(七)網目：由互相疊組的「斗栱」所搭成。斗栱是傳統木造建築的重要構件，支撐著樑架、屋簷等，有如彈簧一般，可以讓樑柱在劇烈的震盪中減少直接受力，保持穩定和平衡；同時也具有重要的裝飾功能。