三峽祖師廟創建於清乾隆三十四年(西元1769年)，歷經六十四個年頭後，於清道光十三年(西元1833年)因大地震而毀塌。

        清道光十三年祖師廟著手第一次重建，惟時至光緒二十一年(西元1895年)，清廷與日本簽訂馬關條約，將台灣割讓，三角湧(三峽舊稱)鄉民效法祖師抗元精神，成立義勇軍，以祖師廟為抗日大本營，誓死抵抗日軍接收，致使日軍傷亡慘重，不得不向台北求援。之後攻陷三角湧的日軍，自然是惱羞成怒，憤而火燒廟堂，造成第一次重建後的祖師廟毀於一旦。

        日人火燒祖師廟後，原本是嚴禁寺廟重建，後因對台採安撫政策，遂應三角湧人之請求，於光緒二十五年(西元1899年)准許重建。二次重建後之祖師廟，材料以木材和土磚為主，至民國三十年左右，因受白蟻之害而有再度重建之必要，不過當時廟產已由日人強行代管，重建計畫乃延至民國三十六年才動工。

        民國三十四年台灣光復，祖師廟的廟產由當時的代理街長李梅樹先生代管，民國三十五年元月地方耆老提議重建祖師廟，民國三十六年元月祖師廟管理委員會與重建委員會成立，之後三峽鎮公所將祖師廟財產管理權歸還祖師廟管理委員會。民國三十六年三月九日(農曆二月二十七日)卯時，三峽祖師廟第三次重建正式破土。

(資料來源：財團法人台北縣三峽長福巖清水祖師公─建廟沿革，http://www.longfuyan.org.tw/step/main.asp)

整建中的祖師廟

(照片來源：三峽鎮公所編印(87年6月30日)，認識三峽(國小版)─史蹟篇，頁60)