由於三峽歷史文物館之編制隸屬於三峽鎮公所，因此年度經費有限，非常需要來自外界或上級單位給予更多的支援及協助。凡是關心保存三峽在地文化的鎮民，莫不期盼台北縣政府文化局或行政院文建會能給予適當的補助，以改善及提昇硬體設施。另外由於文物館之土地係屬於三峽祖師廟，僅地面上之建築物才屬三峽鎮公所所有，祖師廟雖免費提供土地之使用，但由於無土地所有權，文物館無法取得完整之使用執照，這也使得三峽歷史文物館，無法依法規取得文建會已編列之計畫經費，再加上文物館之建築老舊，沒辦法符合現今嚴格之消防法規，在沒有經費與人力來改善的情況下，更讓文物館難以向中央政府申請經費補助。

       三峽以一鎮級單位能夠設置歷史文物館誠屬不易，更何況是使老建築再生利用，如今文物館既然面臨無法依規定向上級單位申請經費的窘境，相關權責單位便應該共謀解決之道，不要一昧拘泥於死板的法規而妨礙了地方珍貴文化資產的保存。